MozillaZine.jp フォーラム • トピック - Thunderbirdでメッセージペインを非表示にしても元に戻る
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CCleaner に限りませんが、この種のシステムクリーニングソフトで、Thunderbird の [セッション] がクリーニング対象になっていると、そのソフトが実行された段階で session.json が消去されるはずですから、そのタイミングでご質問のような状態は起こりうると考えられます。
ただし session.json は、Thunderbird の終了時にその時点の情報を記録して生成され、次回起動時に読み込んだ時点でいったん消えます。
このため、Thunderbird が起動中にシステムクリーニングソフトを実行した場合は、session.json がプロファイル内に存在しないため消されることはありません。
一方、Thunderbird が終了している状態でシステムクリーニングソフトを実行した場合は、直前のセッション情報を記録した session.json が消されるため、次回起動時にはクイックフィルターバーやメッセージペインの状態が初期化されてしまうことは起こりうると思います。